舞台はニューヨーク。
主人公エリオットはサイバーセキュリティ会社「AllSafe」に務める若きエンジニア。
社交不安障害を患い、頭の中で想像上の友達に話しかけるなど、上手に人との関わりが持てない反面高度なハッキング技術を持つ彼は、仕事外ではSNSアカウントに入り込んで身近な人間の情報をのぞき見たり、ネット上の犯罪を摘発するなどして過ごしていた。
ある日の深夜、「激しい攻撃を受けている」と会社に呼び出され、事態の収拾に当たったエリオットはギリギリで被害をくい止めることに成功するも、感染したサーバーから「f・ソサエティ」なる謎の言葉を発見する。
その後地下鉄に乗っている時に突然攻撃の犯人らしき謎の男、Mr.Robot から接触を受けたエリオットは、あろうことか先日の攻撃を防いだという腕を買われてハッカーチーム、「f・ソサエティ」へ入るようスカウトされることになる。彼らの目的は世界有数の大企業であり、かつエリオットの働くオールセーフ最大のクライアントでもある「Eコープ（E Corp）」を取り壊すこと。そしてありとあらゆる借金、ローンの記録をリセットし、かつてない富の再分配を引き起こすことだった。